1、一抗选择
（1）选择单克隆还是多克隆抗体。
由一种克隆产生的特异性抗体叫做单克隆抗体，单克隆抗体能目标明确地与单一的特异抗原决定簇结合，就像导-弹精确地命中目标一样。另一方面，即使是同一个抗原决定簇，在机体内也可以由好几种克隆来产生抗体，形成好几种单克隆抗体混杂物，称为多克隆抗体。在抗原抗体反应中，一般单克隆抗体特异性强，但亲和力相对较小，检测抗原灵敏度相对较低，而多克隆抗体特异性稍弱，但抗体的亲和力强，灵敏度高，但易出现非特异性染色（可以通过封闭等避免）。
（2）种属来源。
家兔来源的抗体多是多克隆，而小鼠来源的抗体多是单克隆，但也有例外。根据此来源选择相应的二抗。
（3）种属反应性的选择。
这一点很重要，表明这种抗体可能存在种属差异，且这种抗体适合检测哪种种属动物体内的抗原。
（4）能否做免疫组化。
一抗说明书都会注明做WB、IHC、ICC、IF等，建议选择注明的抗体（经过文章证明）。
（5）检测标本类型。
用于检测石蜡切片还是冰冻切片，一般能做石蜡切片的抗体，都可用来检测冰冻切片，但能做冰冻切片的抗体，不一定能检测石蜡切片中的抗原。
2、二抗选择
（1）种属来源。
主要根据一抗种属来源来决定购买二抗来源，如一抗是小鼠来源，那二抗就买抗小鼠的即可（羊、兔等均可）。
（2）标记物的选择。
有HRP、Biotin、荧光素等标记物，一般SP三步法二抗选择Biotin标记为二抗，与后面的SP结合反应；而免疫荧光染色就需要购买不同荧光素标记的二抗，如罗丹明、FITC、Cy3等常用荧光素。（这主要与后面有无三抗和三抗种类有关）。
（3）选择IgM还是IgG。
一抗是IgM，二抗就选择IgM；反之，一抗是IgG，则二抗选择IgG。
